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醫院污水處理的下一個步驟是進行物理處理：物理處理能將污水中的有機污染物只含有百分之10以下，使廢水中的懸浮物的含有量能達到百分之5以下，這樣就能使污水的有機物達到排放標準，進行醫院廢水處理的物理處理主要就是使廢水氧化然后使之無害。由于調節池內有水泵，一般的生活污水在通過化糞池后就會到達調節池，污水經過調節池后，就會進行生物處理。這樣就可以對廢水進行消菌，有利于后續的排放。
對于調節池、生化池、接觸池產生的垃圾以及污然后對于污水和污泥，醫院污水處理需要加入石灰石的方法，進行集中消菌處理，之后就是焚燒這些廢水和污泥，使用物理處理為重要的就是要收集醫院產生的含有病菌的廢水，然后就是預先單消菌廢水，之后通過下水道進入化糞池進行處理。生活的污水就是直接進入調節池進行處理。
醫院污水處理的這些工藝都是在密閉的環境中進行。使用物理處理的手段進行醫院廢水處理較大的好處就是能好過濾廢水中有毒有害物質的含量，大大提升了廢水處理的效率。

對形成乳濁液之類的廢液，不能用此法處理，要用焚燒法處理。

1、 收集池：除了起廢水收集和水質均衡的作用，同時廢水先互相中和，減少 pH 調節所需 酸、堿的量，環保； 
2、 pH 調節：去除水中酸、堿污染物，同時保證后續處理的效果；
3、 混凝池：通過加入螯合能力強、環保的第三代半重金屬螯合劑及助凝劑，去除重 金屬、膠體及懸浮物等污染物；
4、 臭氧氧化池：利用臭氧氧化的氧化處理技術，主要用于水的消毒、去除水中酚、氰等 污染物質，水的脫色、除去水中鐵、錳等金屬離子，除異味和臭味。具有反應迅速、流程 簡單、沒有二次污染等優勢； 
5、 催化微電解：屬于氧化處理技術。采用新型催化微電解填料，可去除 COD、降低色度、提高可生化性，處理效果穩定，可避免運行過程中的填料鈍化、板結等現象，對洗 滌廢水效果明顯；
6、 淺層介質過濾：去除水中的細小顆粒、懸浮物、膠體、有機物等雜質及農藥、錳、、 病毒等污染物； 
7、 多功能處理：對異味、微生物、膠體及色素、重金屬離子、小分子有機污染物等有較明顯 的吸附去除作用； 
8、 新型膜濾裝置：去除溶解的有機污染物及其他殘余污染物； 
9、 紫外光氧化消毒：降解有機物，同時具有廣譜殺菌作用，幾乎對所有微生物、、病毒 和藻類生物都起作用，具有殺菌、滅菌率高、安全環保、無二次污染等優勢。

總數是指1mL水中所含各種的總數，是反映水所受污染程度的指標。在水質分析中，是把一定量水接種于瓊脂培養基中，在37℃條件下培養24h后數出生長的菌落數，然后計算出每毫升水中所含的數。
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